Ngày 3/3/1959, Thủ tướng Chính phủ ban hành Nghị định số 100/TTg thành lập lực lượng vũ trang chuyên trách công tác biên phòng và bảo vệ nội địa, lấy tên là Công an nhân dân vũ trang (nay là Bộ đội Biên phòng). Cùng với đó, Khu Công an nhân dân vũ trang Tây Bắc được thành lập, tiền thân là Tiểu đoàn 957, 959 xây dựng thành Tiểu khu 57 và 59. Đến ngày 3/1/1963, Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Sơn La được thành lập (nay là Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Sơn La).

Những năm đầu mới thành lập, Công an nhân dân vũ trang Sơn La dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Khu Công an nhân dân vũ trang Tây Bắc dựa vào dân và vận động nhân dân làm tốt công tác bảo vệ nội địa và biên phòng; tích cực xây dựng lực lượng, trấn áp mọi hoạt động phá hoại của bọn phản cách mạng trong nước và ngoài nước xâm nhập, phá hoại nước ta; sẵn sàng chiến đấu bảo vệ an ninh biên giới và nội địa, góp phần đánh thắng chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, chiến đấu trên chiến trường Lào.

Sau khi thống nhất đất nước, Bộ đội Biên phòng Sơn La vừa tập trung củng cố xây dựng lực lượng, vừa tăng cường các biện pháp biên phòng cùng quân và dân trong tỉnh đánh bại chiến tranh phá hoại nhiều mặt của các thế lực thù địch. Quản lý, bảo vệ biên giới và tham gia hoạch định phân giới cắm mốc, xây dựng biên giới hòa bình, hữu nghị giữa Sơn La - Hủa Phăn, Sơn La - Luông Pha Bang (nước CHDCND Lào), góp phần cùng quân và dân cả nước bảo vệ vững chắc Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa.

Bước vào giai đoạn mới, dưới sự lãnh đạo của Đảng ủy, Bộ Tư lệnh BĐBP, Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh Sơn La, Bộ đội Biên phòng tỉnh phát huy sức mạnh tổng hợp, vai trò nòng cốt, chuyên trách trong bảo vệ chủ quyền an ninh biên giới quốc gia, góp phần xây dựng biên giới ổn định về chính trị, vững mạnh về mọi mặt. Tham gia đàm phán, tổ chức tăng dày, tôn tạo 125 cột mốc tuyến biên giới Việt Nam - Lào. Duy trì, phát triển quan hệ với lực lượng bảo vệ biên giới, lực lượng an ninh của nước bạn Lào, góp phần cùng nhân dân hai nước xây dựng biên giới hòa bình, hữu nghị, hợp tác và phát triển.

Đại tá Vũ Đức Tú, Phó Chính ủy Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh, cho biết: Cán bộ, chiến sỹ Bộ đội biên phòng nêu cao tinh thần cách mạng, khắc phục khó khăn, gian khổ, mưu trí, dũng cảm tấn công kẻ thù và các loại tội phạm, giữ vững từng tấc đất thiêng liêng của Tổ quốc. Tham gia xây dựng, củng cố hệ thống chính trị ở cơ sở, triển khai các công trình, dự án phát triển kinh tế, góp phần nâng cao dân trí, cải thiện dân sinh, củng cố khối đại đoàn kết toàn dân tộc ở khu vực biên giới; huy động nhân dân tham gia bảo vệ vững chắc chủ quyền an ninh biên giới quốc gia; giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội khu vực biên giới của tỉnh; xây dựng và củng cố vững chắc tình hữu nghị đặc biệt Việt Nam - Lào...

Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh chú trọng xây dựng nền quốc phòng toàn dân, thế trận an ninh nhân dân và biên phòng toàn dân vững chắc, phối hợp chặt chẽ với các lực lượng trong công tác bảo vệ an ninh biên giới quốc gia. Vận động hơn 100.000 lượt người dân trên tuyến biên giới tham gia đăng ký tự quản đường biên, mốc quốc giới; duy trì hiệu quả 435 tổ tự quản về an ninh trật tự; tổ chức hàng nghìn lượt tuần tra đơn phương, song phương trên tuyến biên giới; chủ trì, phối hợp với các lực lượng chức năng phát hiện, xử lý gần 1.000 vụ, gần 1.500 đối tượng phạm tội, vi phạm pháp luật. Trong công tác an sinh xã hội, cán bộ, chiến sỹ đã giúp đỡ hơn 640 hộ, với 3.600 khẩu ở 174 bản tại 6 huyện biên giới; nhận đỡ đầu 82 học sinh, trong đó có 10 học sinh nước bạn Lào ở khu vực biên giới có hoàn cảnh khó khăn. Các đơn vị biên phòng nhận 10 cháu về nuôi theo mô hình “Con nuôi đồn Biên phòng”; xây dựng mô hình “Hũ gạo tình thương”, tiết kiệm khẩu phần ăn của cán bộ, chiến sỹ được 10.800 kg gạo, hỗ trợ hơn 1.300 hộ gia đình vụ giáp hạt... Trong thời điểm dịch Covid-19 bùng phát, cán bộ, chiến sỹ biên phòng khắc phục khó khăn, ngày đêm tuần tra, chốt chặn các đường mòn lối mở, ngăn chặn các đối tượng vượt biên trái phép, không để dịch bệnh xâm nhập vào địa bàn...

Đáp ứng nhiệm vụ trong giai đoạn hiện nay, Đảng ủy, Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh đang tập trung thực hiện Đề án của Bộ Tư lệnh BĐBP về “Xây dựng BĐBP cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại, một số thành phần tiến thẳng hiện đại, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới”; xây dựng đội ngũ cán bộ biên phòng có bản lĩnh chính trị vững vàng, giỏi về nghiệp vụ biên phòng, xứng đáng là lực lượng nòng cốt, chuyên trách bảo vệ vững chắc chủ quyền lãnh thổ, biên giới thiêng liêng của Tổ quốc, thực sự là biên giới hòa bình, hữu nghị, hợp tác và phát triển, góp phần xây dựng tỉnh Sơn La ngày càng giàu đẹp.